答案当然是不可以。
《劳动合同法》第五十条
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
虽然《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
但是，针对的情形仅仅是劳动者违法解除劳动合同，并不是“劳动者未办理工作交接”的情形。
实践中，一些公司为让离职员工交接好工作，想出了“扣押”工资的办法：离职员工不来办理工作交接的，离职时的工资暂不结算支付；等办理完毕工作交接之后，公司再结算支付劳动者的工资。
但是，这种做法其实涉嫌违法。
工资支付暂行规定对离职工资支付有明确规定：劳动者离职的，用人单位应当一次性付清工资。
即，劳动者离职的，一次性付清工资是公司的法定义务；如果公司不付清工资，属于拖欠工资的行为，需要承担法律责任。
同时，关于离职证明，法律也有明确规定：
《劳动合同法》第五十条
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在15日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
第八十九条
用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或者终止劳动合同的书面证明，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
所以，综合以上发条规定，公司不能以“员工交接时，把所有跟后台开发有关的工具删除了”这一理由，扣发员工工资和拒开离职证明。
如果因为员工删除某些数据，比如公司程序员删库、公司财务人员删除重要表格等，给公司造成实际损失，那么公司可以举证，要求员工进行赔偿。
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